なんでこうなるの

gitが改行コードを自動で変換する設定になっていたせいらしい
skkeletonは辞書の改行コードがLFじゃないと読んでくれないのでそのせいで失敗してた

対処

こんな感じでgitの設定を変更して改行コードの自動変換をオフにすればよい

git config --global core.autocrlf false

追記 globalで設定すると他のリポジトリに問題が起きる可能性があるのでlocalで設定した方が安全かも